清华大学医学院成立于 2001年10月25日，当前，世界范围内普遍认识到生命科学和医学是当今世界科学技术领域最活跃、最有希望取得关键性突破的学科之一，清华大学医学院正是基于此而创立的。医学院是清华大学为顺应国家发展需要及世界高等教育和科学技术发展的趋势，为向世界一流大学的目标奋进迈出的极为重要的一步。为了使清华大学在 2011 年前能跻身于国际一流大学之林，清华大学校领导已明确提出“要争取在信息、纳米及生命科学上有所突破”这一战略目标。

由于科研中需要处理的数据量大，需要借助与高性能集群系统才能完成，曙光公司为其配备了双路节点和八路大内存节点，提供整体峰值6.6万亿次每秒，并针对用户的应用程序，曙光公司专门做了应用优化，使其使用效率增加了10%-28%。系统建成后主要为以下两方面应用提供服务：

扫描电镜数据处理：扫描电镜是生命科学研究中必不可少的仪器设备，主要通过用极细的电子束在样品表面扫描，获得原始数据(RAW DATA)然后通过软件进行提纯和分析，将产生的二次电子用特制的探测器收集，形成电信号运送到显像管，在荧光屏上显示物体 (细胞、组织)表面的立体构像，摄制成照片，获得人类认知范畴之内的信息。其计算软件主要为spider和eman。

分子动力学模拟：分子动力学是一套分子模拟方法，该方法在定义原子之间作用势的基础上，依靠牛顿力学来模拟分子体系的运动，从而探索体系的动力学特性和热力学特性，对于揭示生命的本质、研究生命体的活动有着非常重要的意义。主要应用软件有NAMD等。